Muzej kroz različite vrste aktivnosti nastoji afirmirati ličnost Alije Izetbegovića. Naime, osim stalnih postavki, Muzej „Alije Izetbegović“ organizira izložbe u znak sjećanja na dan rođenja Alije Izetbegovića, likovne kolonije, kao i tradicionalu Akademiju koja se realizira svakog 19. oktobra, na dan njegove smrti.
Značajno je istaći i mobilnu izložbu fotografija o životu, liku i djelu Alije Izetbegovića. Izložba je prvi put prikazana 2008. godine u Istanbulu, te je kasnije posjetila preko pedeset gradova širom Bosni i Hercegovine, domovinskih zemalja i dijaspore. Na ovaj način obrazovnim institucijama je pružena mogućnost organiziranja dodatne edukacije o prvom predsjedniku Predsjedništva nezavisne Bosne i Hercegovine. U skladu sa svojim programom, Muzej organizira radionice za učenike osnovnih i srednjih škola. Nakon obilaska Muzeja, popraćenog predavanjima koje drži stručni muzejski vodič, učenici imaju priliku da stečeno znanje i dojmove zabilježe u svojim likovnim i literarnim radovima. Pored rada s učenicima, Muzej podržava i naučno-istraživačke radove studenata, te doktorske disertacije intelektualca i naučnika, stavljajući im na raspolaganje svoju biblioteku i razne vidove historijskih izvora.
Ono što je posebno potrebno istaći je i izuzetno aktivna izdavačka djelatnost Muzeja, kroz koju se dodatno nastoji široj publici približiti životni put istaknutog bošnjačkog i muslimanskog intelektualca Alije Izetbegovića. U prethodnom periodu Muzej je organizirao značajan broj naučnih i stručnih konferencija, što će biti praksa i u budućem radu ove institucije.
