Stalna muzejska postavka smještena je u kulama Ploča i Širokac. U kuli Ploča prikazan je, hronološki kroz tekst i fotografije, život Alije Izetbegovića kao političara i državnika. U kuli Širokac, muzejska postava posvećena je Aliji Izetbegoviću kao Vrhovnom komadantu i organiziranju odbrane od agresije na BiH.

Nastao u savremeno doba, Muzej „Alija Izetbegović“ na moderan način daje odgovore na pitanja postavljena u prošlosti, ali postavlja i temelje za budućnost. Svojim objektivnim i naučnim pristupom Muzej potiče mlade intelektualce i istraživače da stručno pristupe pisanju historije.

Edukativni programi u Muzeju namijenjeni su učenicima osnovnih i srednjih škola i uključuju stručna opća i tematska vodstva stalne muzejske postavke, interaktivne školske radionice, objavljivanje pedagoško-edukativnih izdanja, predavanja, programe obilježavanja značajnih historijskih datuma, te niz drugih.